该仪器主要用于对蛋白质、多肽、聚合物或病原体等生物大分子进行高通量、高灵敏度的定性分析，具体包括测定精确分子量、获取肽段序列信息以及通过指纹图谱直接进行微生物鉴定。

激光频率：最高可达 2000 Hz 或5000 Hz（这决定了样品的分析速度和通量）
激光聚焦：可变光斑尺寸调节，以适应不同的样品结晶形态
质量精度（MS模式）：内部校准：通常\leq 1≤1 ppm（百万分之一）以下；外部校准：通常\leq 3≤3 ppm
质量分辨率（MS模式）：反射模式：通常> 30,000 FWHM（半峰宽）或更高
灵敏度：通常在fmol（飞摩尔，10^{-15}10 −15摩尔）级别
离子源：采用MALDI离子源，通常配备高精度靶板（如Scout MTP靶板或AnchorChip靶板）